Lillo-Fort heeft in het verleden een belangrijke militaire rol gespeeld. Het Fort van Lillo (een schans destijds) werd in 1578 op instigatie van prins Willem van Oranje gebouwd door Antwerpenaren teneinde de stad beter te kunnen beschermen tegen een te verwachten Spaanse aanval. Antwerpen behoorde toen tot de opstandige steden in de Nederlanden. De stad was een bolwerk van de Reformatie en had zich ontwikkeld tot een grote wereldhaven. In 1584 zag een Spaanse troepenmacht onder leiding van Van Mansfeldt en Mondragon geen kans om het fort te veroveren. Na de val van Antwerpen op 15 augustus 1585 bleef het fort, samen met het fort Liefkenshoek op de linkeroever van de Schelde, in handen van de opstandelingen in de Noordelijke Nederlanden. In de loop der geschiedenis onderging dit bolwerk nog vele veranderingen zoals in 1609 op basis van een bestek van David van Orliens. Bij de Vrede van Münster in 1648 werd het fort als vesting van de Republiek der Verenigde Nederlanden erkend. Samen met het fort Liefkenshoek speelde Lillo een cruciale rol in de beheersing van het scheepvaartverkeer van en naar Antwerpen. Vanuit beide forten werd een fiscale barrière in de Schelde in stand gehouden, die nadelig was voor de handelspositie van Antwerpen. De groei van de haven van Amsterdam tijdens de Gouden Eeuw is mede daaraan te danken. Tijdens de Oostenrijkse Successieoorlog in 1747 werd het fort door de Fransen voor een jaar op de Republiek veroverd. Bij de vrede van Aken (1748) werd Lillo weer aan de Republiek toegewezen, die het in februari 1786 aan de Oostenrijkse Nederlanden afstond als uitvloeisel van het verdrag van Fontainebleau uit 1785. In 1794 ging het weer over naar de Fransen, die het ingrijpend verbouwden. Na de Belgische Revolutie van 1830 bleven de forten Liefkenshoek en Lillo tot 1839 in handen van het Koninkrijk der Nederlanden. In 1894 werd Lillo als vestingwerk buiten gebruik gesteld en in 1981 is het als beschermd monument aangewezen. In de jaren 1903-1906 is het fort verminkt, toen het Hoofdbolwerk werd gesloopt en een belangrijk deel van de vestinggracht aan de Scheldezijde, gelijktijdig met de aanleg van een haventje bij het fort, werd gedempt. In de periode 1585-1786 verbleven er doorgaans ca. 200 burgers in het fort. In 1830 waren er 34 burgerhuizen met 128 inwoners.
Lillo-Fort: getijdehaventje.
Lillo-Fort is het enige overblijvende deel van het dorp Lillo, dat oorspronkelijk ook Lillo-Kruisweg en Oud-Lillo omvatte. Het dorp werd in 1958 bij de stad Antwerpen gevoegd en volledig onteigend voor de havenuitbreiding. Op Lillo-Fort na is het helemaal verdwenen.
In 1958 werden Berendrecht, Zandvliet en Lillo bij Antwerpen gevoegd en werd het polderlandschap grotendeels onteigend voor de havenuitbreiding. Sinds de decentralisatie van 2000 gaan deze drie oude gemeenten samen als het district Berendrecht-Zandvliet-Lillo of Bezali door het leven.
